Primavera de 1901: una epidèmia de pesta fa estralls entre els habitants de l’illa de Minguer, 29a província de l’Imperi otomà. El sultà Abdülhamit hi envia el seu inspector en cap de salut, el químic Bonkowski Paixà, i el jove i exitós doctor Nuri, que viatja acompanyat de la seva dona, Pakize Sultan, neboda del sultà. A l’illa també hi trobaran el jove oficial otomà major Kâmil; la illenca Zeynep, de qui aquest últim està enamorat; el governador Sami Paixà, desbordat per la situació, i la seva bella amant Marika.
Nits de Pesta és la història d’aquests personatges, de les relacions que s’estableixen entre ells, de l'esforç constant per fer complir les prohibicions de la quarantena en la guerra contra l’epidèmia.